开票给子公司收到总公司的货款账务可以出具委托书，委托总公司代收货款就行，出具书面的告知函就行，完善下手续就绪就行。往来款是指企业在生产经营过程中，因发生供销产品、提供或接受劳务而形成的债权、债务关系的资金数额;往来款以会计手段反映在企业的账务记录上，表示企业收款的权利或付款的义务，具有法律效力。

如果是总公司与分公司之间的往来款，应该记入”其他应付款“科目里，其他应付款是指企业在商品交易业务以外发生的应付和暂收款项。指企业除应付票据、应付账款、应付工资、应付利润等以外的应付、暂收其他单位或个人的款项。根据现行《增值税暂行条例》第二十一条规定：一般纳税人销售货物或者应税劳务，应当向索取增值税专用发票的购买方开具增值税专用发票，并在增值税专用发票上分别注明销售额和销项税额。